which() の戻り値と論理ベクトルによる添字指定を混同するとずれる

which(条件)は条件を満たす要素の「位置（添字番号）」を返しますが、条件そのもの（論理ベクトル）を直接添字として使うのとは意味が違います。

 1  stock <- c(3, 0, NA, 7, 0)
 2  available <- stock[________________]
                               ^
 3  cat(available, "\n")

出力: 3 NA 7

空欄を埋めて実行を通す

which()の結果をさらに論理ベクトルとして使うと、位置の数値がTRUE/FALSEとして解釈され、意図と違う要素が選ばれます。